Заповедник был организован в 1993 г. на пяти кластерных участках,
количество которых к настоящему времени возросло до девяти, а общая
площадь значительно увеличена. Заповедник располагается на нескольких
участках в связи с необходимостью охватить все экосистемы
представленные в Убсунурской котловинеПри первоначальной территории в
39,6 тыс.га он занимает теперь 925136,4 га. При первоначальной
территории в 39,6 тыс.га он занимает теперь (на 1 октября 2000 г.)
323198,4 га, в том числе по кластерным участкам:

Кластерный участок «Цугээр-Элс» (эоловые
песчаные дюны) расположен в северо-восточной части Убсунурской
котловины по левобережью р.Тес-Хем и охватывает крупные аридные пески
Цугээр-Элс.
Охранная зона участка включает участки ковыльной и опустыненной степи со скалистыми останцовыми горами, долину р.Тес-Хем (по левобережью) выше впадения ее притока р.Эрзин с луговой растительностью и древесным тугаем в пойме и пресноводное озеро Торе-Холь.
Географические координаты: 49°45¢ - 50°29¢ СШ и 94°45¢ - 95°35¢ ВД.
Кластерный участок «Улар» расположен на южном макросклоне хр.Сангилен, охватывая весь бассейн реки Улар-Хем и часть водоразделов хр.Хорумнуг-Тайга, примыкающего к западному крылу хр.Сангилен. Горные леса южной границы бореальных лесов Сибири.
Сохранение ландшафтного и биоразнообразия. Географические координаты: 50°18¢ - 50°31¢СШ и 92°20¢ - 95°50¢ ВД.

Кластерный участок «Ямаалыг» расположен в южной части останцовой равнины на левом берегу р.Тес-Хем, восточнее хребта Агар-Даг, севернее песков Алтан-Элс. Останец вытянут с В-СВ на З-ЮЗ. Высота 1321 м над уровнем моря. Протяженность 10 км.
Степь, останец, с богатым разнообразием археологических объектов культурно-исторического наследия. Фото на стр.12
Слайд 8 .O {font-size:149%;} •Кластерный участок «Арысканныг» расположен на южных склонах хребта Танну-Ола, в бассейне реки Арысканныг-Хем и имеет прямоугольную форму, вытянутую с севера на юг, простираясь вдоль подгорных шлейфов. Максимальная ширина участка 24-28 км, длина 42 км.
Горные леса южной границы бореальных лесов Сибири.
Сохранение ландшафтного и биоразнообразия.
Географические координаты: 50°98¢ - 50°54¢ СШ и 94°25¢ - 94°38¢ ВД.

Кластерный участок «Убсу-Нур» расположен в северной части озера и в устьевой дельте р.Оруку-Шынаа при впадении в оз.Убсу-Нур вдоль государственной границы России.
Географические координаты: 48°15' – 51°09' СШ и 90°40' – 98°50' ВД.
Самое большое (в котловине Великих озер Монголии) бессточное озеро Убсу-Нур (Увс-Нуур по-монгольски), имеет отметку уреза воды 759 м.н.у.м. Северная часть дельты и северный берег (10км.-российская часть) входит в кластер «Убсу-Нур».
Ключевая орнитологическая территория международного значения.
Монгольская часть озера включена в список Рамсарских угодий.
Кластерный участок «Оруку-Шынаа» расположен на территории Тес-Хемского кожууна в пойме реки Оруку-Шынаа вдоль государствен-ной границы России и Монголии.
Ключевая орнитологическая территория международного значения.
Естественные заросли облепихи крушиновидной (Hippofaer rhamnoides).
Слайд 9 .O {font-size:149%;} •Кластерный участок «Монгун-Тайга» охватывает орографически массив вершины Монгун-Тайга (высшей точки Восточной Сибири - 3976 м над уровнем моря), и включает ледниковую часть массива.
Охранная зона расположена вокруг заповедного участка охватывая верховья рек Балыктыг, Мугур, Моген-Бурен и включает реки Мугур-Шегетей, Орта-Шегетей, Тоолайлыг, Шара-Хорагай и Хапши вплоть до пересечения этих рек с государственной границей Российской Федерации и Монголии. Здесь преобладают высокогорные ландшафты, ледники, снежники, тундровая и высокогорная растительность.
Кластер и охранные зоны - ключевая территория Алтае-Саянского экорегиона по сохранению ландшафтного и биоразнообразия (Снежный барс, Аргали и др.).
Географические координаты: 50°45¢ - 50°29¢ СШ, 94°23¢ - 95°35¢ ВД.
Кластерный участок
«Кара-Холь»
расположен в северо-западной части республики на территории
Бай-Тайгинского кожууна на границе с Республикой Алтай и Республикой
Хакасия.
Граничит с Алтайским и Хакасским заповедниками.
Ключевая территория Алтае-Саянского экорегиона по сохранению биоразнообразия (Снежный барс и др.).
В охранной зоне расположено одноименное озеро Кара-Холь, имеющее тектоническое происхождение.
Территория в основном расположена в отрогах Западного Саяна, горно-таежная зона.
Географические координаты: 50° 55' - 51° 40' СШ, 88° 55' - 90° 10' ВД
Кластерный участок «Хан-Дээр» (Кантегир).
Расположен на южных отрогах хребта Западный Саян, вдоль границы с Красноярским краем.
Рельеф горный, верхняя граница леса, леса в основном чистые кедровые, с примесью лиственницы. Абсолютные высоты достигают 2800-3100 м. н.у.м., рельеф сильно расчленен глубоко врезавшимися речными долинами.
По Хемчикскому хребту участок "Хан–Дээр" примыкает к Саяно–Шушенскому заповеднику.
Ключевая территория Алтае-Саянского экорегиона по сохранению биоразнообразия (Снежный барс, лесной северный олень, козерог и др.).
Сопредельные территории богаты минеральными источниками, охранные зоны являются припис-ными охотничьими хозяйствами (пушные, копытные, водные биоресурсы).
Территория имеет высокий туристский (пешеходный, водный, бальнеологический) потенциал.
Географические координаты: 51° 39' - 52° 15' СШ, 90° 00' - 92° 15' ВД.
Кластер разделен на 3 участка:
«Хан-Дээр-1» (Левый берег реки Кантегир, Абазинская райинспекция)
«Хан-Дээр-2» (до реки Улуг-Каргал, Сут-Хольская райинспекция), и
«Хан-Дээр-3» (Чаа-Хольская райинспекция).

- Кара-Холь - 122451 га
- Хан-Дээр - 112917,4 га
- Оруку-Шинаа - 28750 га
- Улар - 18000 га
- Монгун-Тайга 15890 га
- Арысканныг - 15000 га
- Цугээр-Элс - 4900 га
- Убсу-Нур - 4490 гa
- Ямаалыг - 800 га

Охранная зона участка включает участки ковыльной и опустыненной степи со скалистыми останцовыми горами, долину р.Тес-Хем (по левобережью) выше впадения ее притока р.Эрзин с луговой растительностью и древесным тугаем в пойме и пресноводное озеро Торе-Холь.
Географические координаты: 49°45¢ - 50°29¢ СШ и 94°45¢ - 95°35¢ ВД.
Кластерный участок «Улар» расположен на южном макросклоне хр.Сангилен, охватывая весь бассейн реки Улар-Хем и часть водоразделов хр.Хорумнуг-Тайга, примыкающего к западному крылу хр.Сангилен. Горные леса южной границы бореальных лесов Сибири.
Сохранение ландшафтного и биоразнообразия. Географические координаты: 50°18¢ - 50°31¢СШ и 92°20¢ - 95°50¢ ВД.

Кластерный участок «Ямаалыг» расположен в южной части останцовой равнины на левом берегу р.Тес-Хем, восточнее хребта Агар-Даг, севернее песков Алтан-Элс. Останец вытянут с В-СВ на З-ЮЗ. Высота 1321 м над уровнем моря. Протяженность 10 км.
Степь, останец, с богатым разнообразием археологических объектов культурно-исторического наследия. Фото на стр.12
Слайд 8 .O {font-size:149%;} •Кластерный участок «Арысканныг» расположен на южных склонах хребта Танну-Ола, в бассейне реки Арысканныг-Хем и имеет прямоугольную форму, вытянутую с севера на юг, простираясь вдоль подгорных шлейфов. Максимальная ширина участка 24-28 км, длина 42 км.
Горные леса южной границы бореальных лесов Сибири.
Сохранение ландшафтного и биоразнообразия.
Географические координаты: 50°98¢ - 50°54¢ СШ и 94°25¢ - 94°38¢ ВД.

Кластерный участок «Убсу-Нур» расположен в северной части озера и в устьевой дельте р.Оруку-Шынаа при впадении в оз.Убсу-Нур вдоль государственной границы России.
Географические координаты: 48°15' – 51°09' СШ и 90°40' – 98°50' ВД.
Самое большое (в котловине Великих озер Монголии) бессточное озеро Убсу-Нур (Увс-Нуур по-монгольски), имеет отметку уреза воды 759 м.н.у.м. Северная часть дельты и северный берег (10км.-российская часть) входит в кластер «Убсу-Нур».
Ключевая орнитологическая территория международного значения.
Монгольская часть озера включена в список Рамсарских угодий.
Кластерный участок «Оруку-Шынаа» расположен на территории Тес-Хемского кожууна в пойме реки Оруку-Шынаа вдоль государствен-ной границы России и Монголии.

Ключевая орнитологическая территория международного значения.
Естественные заросли облепихи крушиновидной (Hippofaer rhamnoides).
Слайд 9 .O {font-size:149%;} •Кластерный участок «Монгун-Тайга» охватывает орографически массив вершины Монгун-Тайга (высшей точки Восточной Сибири - 3976 м над уровнем моря), и включает ледниковую часть массива.
Охранная зона расположена вокруг заповедного участка охватывая верховья рек Балыктыг, Мугур, Моген-Бурен и включает реки Мугур-Шегетей, Орта-Шегетей, Тоолайлыг, Шара-Хорагай и Хапши вплоть до пересечения этих рек с государственной границей Российской Федерации и Монголии. Здесь преобладают высокогорные ландшафты, ледники, снежники, тундровая и высокогорная растительность.
Кластер и охранные зоны - ключевая территория Алтае-Саянского экорегиона по сохранению ландшафтного и биоразнообразия (Снежный барс, Аргали и др.).
Географические координаты: 50°45¢ - 50°29¢ СШ, 94°23¢ - 95°35¢ ВД.

Граничит с Алтайским и Хакасским заповедниками.
Ключевая территория Алтае-Саянского экорегиона по сохранению биоразнообразия (Снежный барс и др.).
В охранной зоне расположено одноименное озеро Кара-Холь, имеющее тектоническое происхождение.
Территория в основном расположена в отрогах Западного Саяна, горно-таежная зона.
Географические координаты: 50° 55' - 51° 40' СШ, 88° 55' - 90° 10' ВД
Кластерный участок «Хан-Дээр» (Кантегир).
Расположен на южных отрогах хребта Западный Саян, вдоль границы с Красноярским краем.
Рельеф горный, верхняя граница леса, леса в основном чистые кедровые, с примесью лиственницы. Абсолютные высоты достигают 2800-3100 м. н.у.м., рельеф сильно расчленен глубоко врезавшимися речными долинами.
По Хемчикскому хребту участок "Хан–Дээр" примыкает к Саяно–Шушенскому заповеднику.
Ключевая территория Алтае-Саянского экорегиона по сохранению биоразнообразия (Снежный барс, лесной северный олень, козерог и др.).

Сопредельные территории богаты минеральными источниками, охранные зоны являются припис-ными охотничьими хозяйствами (пушные, копытные, водные биоресурсы).
Территория имеет высокий туристский (пешеходный, водный, бальнеологический) потенциал.
Географические координаты: 51° 39' - 52° 15' СШ, 90° 00' - 92° 15' ВД.

«Хан-Дээр-1» (Левый берег реки Кантегир, Абазинская райинспекция)
«Хан-Дээр-2» (до реки Улуг-Каргал, Сут-Хольская райинспекция), и
«Хан-Дээр-3» (Чаа-Хольская райинспекция).